Hombre, en sata2 algo notarás pero puede que te vaya igual que con el raid, ya que las velocidades del disco se limitarán por la interfaz de conexión a la placa desgraciadamente. Asegúrate también de no poner el sata en modo compatibilidad ide en la bíos que sino te sacará menos rendimiento.
Por otro lado al ir a instalar el tercer windows te debería detectar dos unidades (teniendo puesto el raid con dos discos y el disco sata), ya que eso ocurre a un nivel superior que el del sistema operativo (hardware).
Por lo tanto no tendrías problema en instalar en el ssd el otro windows, y luego formatear el que no te haga falta una vez arrancado el sistema operativo.
